SARS／工研院：SARS病毒與其它冠狀病毒應為近親
(2003/04/25 14:50)
記者黃曼瑩／台北報導
工研院生物醫學工程中心以其自行開發之「長序列基因快速比對搜尋軟體FLAG」，完成港、加、台、中等之SARS病毒基因全序列之相互比對分析，並進行了人類SARS病毒與其它動物冠狀病毒基因序列的比對；比對結果顯示各類病毒均有11個「可能的基因」，而加拿大與香港兩地的SARS病毒基因序列幾乎完全相同(相似度高達99.96%)，應可推斷兩地的SARS為同一來源。
工研院生醫中心根據各國最新公布的各地區之SARS病毒基因序列，經由核酸序列比對、蛋白質序列比對等多項生物資訊進行跨地區SARS病毒基因序列相互比對分析，比對結果顯示各類病毒均有11個「可能的基因」，而加拿大與香港兩地的SARS病毒基因序列幾乎完全相同(相似度高達 99.96%)，應可推斷兩地的SARS為同一來源。
生醫中心也根據北京華大晶因體中心於廣州及北京兩地採集的SARS病人樣本，而製作的SARS基因體序列加以分析。這些序列與香港及加拿大之序列均有部分差異，而這些差異可能是由實驗誤差或定序尚不完整所造成，未必是基因序列之突變。
在跨物種的比對分析方面，生醫中心分別以牛、鼠、豬、家禽等四種動物為宿主的冠狀病毒全基因體序列，與SARS病毒及人類冠狀病毒進行全基因體比對分析。該中心研究員梁恭豪博士表示，比對分析結果顯示SARS 病毒之核酸及蛋白質序列與其他物種，除中間部分外，均不相似。
各冠狀病毒基因體中間部分(約位於10k至22k處)之相似片斷，即為與RNA製作功能有關之基因，顯示SARS病毒與其它冠狀病毒應為近親。根據目前比對結果，並無法判斷SARS與其中哪一物種冠狀病毒特別接近。
生醫中心分子生物技術組組長留忠正博士也說明FLAG比對法的特色，他指出以FLAG做全基因體序列比對，比針對某一特定基因所做的分析，更能觀察出各基因體的整體結構差異及其變化，亦有助於進一步了解病毒的演化過程。
FLAG為工研院自行開發的大型生物資訊商用軟體，其特色在能針對長序列DNA(大於1百萬鹼基) 進行比對搜尋，即使是超過兩百萬鹼基對的「超長序列」，也能在短時間內完成，這使得進行「全染色體」或「全基因體」之相互比對研究變成十分容易，在生物資訊大量化後之「比較基因體分析應用」應有很大的發揮空間，最近FLAG並獲美國《基因技術》雜誌(Genome Technology)推薦為全球六個「高效率(High Performance)基因序列比對軟體」之一。
生醫中心經由FLAG所完成之SARS病毒跨地區與跨物種等全基因序列比對分析初期的相關結果，已公布於FLAG網站之上，並將繼續追蹤研究 SARS 之基因體相關資訊。也歡迎國內其他生醫研究領域如病理、臨床、病毒、流行病學、分子生物等專家上網參考，期望激發出更多有關SARS病毒研究討論與靈感，以及未來進行檢驗疫苗與治療之研究。
此初步結果已公布於工研院FLAG網站(http://flag.itri.org.tw/)，供國內外SARS相關研究之參考運用。
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